Als Zeitraum des Baubeginns der Klosterkirche kommt vermutlich das 3. Jahrzehnt des 13. Jahrhunderts in Frage. 1265 wird die Kirche als halbfertig bezeichnet. Die immer wieder auftretenden wirtschaftlichen Schwierigkeiten haben den Bau erst 1272 vollenden lassen. Diese Jahreszahl hat sich am westlichen Bogen des oberen Ganges im südlichen Seitenschiff befunden. Sie ist heute verdeckt, aber glaubwürdig überliefert. Noch lange nach der Vollendung der Kirche war der Konvent schwer verschuldet. Im Jahr 1496 erfahren wir, dass die Klosterkirche zwei Altäre, darunter einen Katharinenaltar besaß. In die Zeit der Spätgotik fällt eine Veränderung des Chores, die eine Sepiazeichnung von Peter Gayer um 1830 noch zeigt. Nach schweren Beschädigungen im Bauernkrieg und der Ruinierung des südlichen Querhauses 1689 konnte 1708 der Turm in den Obergeschossen aufgeführt werden. Die stark beschädigte Kirche wurde 1876 bis 1877 und dann intensiv 1902 bis 1904 renoviert. 1977 erfuhr die Klosterkirche erneut eine Renovierung.