Die Wallfahrtskirche Klausen kann auf eine über 500-jährige Geschichte zurückblicken. Sie nimmt ihren Anfang in dem Wirken des Marienverehrers Eberhard. Dieser stammte aus der Nähe des heutigen Ortes und war Winzer, Bauer und Tagelöhner. Um das Jahr 1440 stellte ein am Ort der heutigen Wallfahrtskirche eine Figur der schmerzhaften Muttergottes auf, die er sooft wie möglich besuchte. Neben dem Bildstock errichtete er ein Häuschen und bat dazu die Pfarrer der umliegenden Orte um Unterstützung. Im Jahre 1442 stellte er das Häuschen (clausa) fertig. Zusätzlich beschaffte Eberhard eine Glocke und einen eisernen Leuchter. Das Marienbild stellte er in ein Fenster.
Bald darauf fanden sich die ersten Besucher und Pilgerer ein, die Opfergaben vor dem Marienbild ablegten. Um den Diebstählen der Opfergaben vorzubeugen, baute Eberhard neben dem Marienhäuschen eine Hütte und lebte dort als Einsiedler.
In der Folgezeit erhielt der Ort durch Berichte über Gebetserhörungen und Wunder eine größere Bekanntheit. Das Marienhäuschen wurde 1444 durch eine größere Kapelle ersetzt. Die heutige Wallfahrtskirche wurde im Jahr 1502 eingewiehen.