Die Apollinariskirche liegt oberhalb der Stadt Remagen auf einer Anhöhe, die heute Apollinarisberg heißt, jedoch eine lange Geschichte vorweisen kann. Wie Funde aus der Römerzeit zeigen, wurden bereits in der Antike hier die römischen Götter verehrt. Während des 5. und 6. Jahrhunderts erhielt der Berg den Namen Martinsberg, weil hier in fränkischer Zeit vermutlich eine Kapelle zum heiligen Martin stand, der der Patron der Franken war. Im neunten Jahrhundert entstand anstelle der Kapelle eine romanische Kirche. Im Jahr 1110 errichteten die Benediktiner von Siegburg auf Initiative der Bevölkerung von Remagen eine Propstei. Ende des 14. Jahrhunderts gelangten wahrscheinlich die Reliquien des heiligen Apollinaris auf den Berg. Seit dem Jahr 1384 ist auf dem Apollinarisberg eine Wallfahrt zu dem Heiligen bezeugt. Ebenfalls stammt der Sarkophag mit der Hauptreliquie in der Krypta der Kirche aus dem 14. Jahrhundert.
Im Zug der Napoleonischen Kriege und der Säkularisation wurde im Jahr 1802 die Probstei der Benediktiner aufgehoben. Nach der Aufhebung kauften 1807 die Brüder Sulpiz und Melchior Boisserèe das ganze Anwesen. Sie verkauften 1830 den Besitz an den Freiherrn Franz Egon v. Fürstenberg-Stammheim, der 1840 in den Grafenstand erhoben wurde. Seine Pläne, in der vorhandenen alten Kirche ein Hauptwerk der neuen religiösen Malerei anzubringen, ließ sich nicht durchführen. Daher entschied er, die Kirche abzureißen und 1842 durch eine neue zu ersetzen. Er ...